Die Meta Design GmbH wurde 1979 in Berlin von Gerhard Doerrié, Florian Fischer, Dieter Heil und Erik Spiekermann gegründet. 1990 gründeten Erik Spiekermann, Uli Mayer-Johanssen und Hans Christian Krüger die MetaDesign plus GmbH, aus der die heutige MetaDesign AG entstand. Aufgrund inhaltlicher Differenzen verließ Spiekermann im Sommer 2000 die Agentur. Uli Mayer-Johanssen steht der MetaDesign AG heute als Chairwoman of the Executive Board und Sprecherin des Vorstandes vor.
Seit 2001 hat die MetaDesign AG ihren Stammsitz im sogenannten MetaHaus in Berlin-Charlottenburg. 1990 entwickelte MetaDesign das Corporate Design und das Informations- und Leitsystem der Berliner Verkehrsbetriebe. Zu den von MetaDesign betreuten Projekten gehören das Corporate Design der Bundesregierung (1998–2001 eingeführt von der Werbeagentur Odeon Zwo), der Berliner Filmfestspiele, das Logo der Stadt Berlin und die Kampagnen zu den Ausstellungen Das MoMA in Berlin (2004), Die schönsten Franzosen kommen aus New York (2007) und Babylon. Mythos und Wahrheit (2008). MetaDesign ist weltweite Leitagentur für das Corporate Design von Volkswagen (seit 1993) und Audi (seit 1994). Die MetaDesign AG unterhält Niederlassungen in Peking, Düsseldorf und Hamburg sowie Minderheitsbeteiligungen an der MetaDesign Suisse AG in Zürich und Sturm und Drang in Hamburg. MetaDesign San Francisco ist inzwischen unabhängig und darf die Marke in Nordamerika verwenden.